Ve své monofázické variantě může vést k diagnostickým rozpakům (145), zejména díky občasné KIT- a DOG1- pozitivitě (10, 146). K jeho správné diagnóze může přispět impregnace retikula, která může demaskovat rudimentární epiteliální diferenciaci snadno přehlédnutelnou v HE barvení, s určitými námitkami (147, 148) imunohistochemický průkaz cytokeratinů a epiteliálního membránového antigenu (EMA), a zejména molekulárně genetický profil odlišný od GISTu, prokazující t(X,18) vedoucí k fúzi SYT genu s některým z genů SSX skupiny (149-152). Zrádnou může být vzácně se vyskytující mutace KIT nebo PDGFRA v synoviálním sarkomu (153).